Las fístulas son comunicaciones entre un órgano o parte de un órgano (por ejemplo el colon) y otros órganos, partes del intestino adyacentes y/o a la piel. Aparecen en la Enfermedad de Crohn como consecuencia de una ulceración profunda.

Si el recorrido del alimento por la fístula hace que se salte el paso por una parte importante del intestino, pueden interferir con la absorción de nutrientes. Esto ocurre especialmente en el caso de conexiones entre los intestinos grueso y delgado.

Ademas, las fístulas se pueden infectar, dando lugar a abscesos. Los abscesos son acumulaciones de pus que pueden estar acompañadas de dolor considerable y pueden dan lugar a emergencias serias. Los abscesos se pueden tratar con cirugía para vaciar su contenido de pus (Incisión y Drenaje), practicando una incisión a través de la cual se drena el absceso. Para evitar los abscesos de repetición también puede ser necesario operar las fístulas. A esta intervención se le llama fistulectomía.

Las fístulas son relativamente frecuentes en los pacientes con Enfermedad de Crohn y raras en pacientes con Colitis Ulcerosa.