La Enfermedad de Crohn  en el intestino delgado bien por la propia inflamación o por la cicatrización de las lesiones, puede provocar obstrucciones intestinales. Estas obstrucciones, también llamadas estenosis, pueden provocar importantes dolores y vómitos. En ciertos casos puede ser necesario extirpar el trozo de intestino afectado, lo que se denomina resección. En otros, es posible abrir algunas de estas obstrucciones mediante una técnica denominada «estricturoplastia», expandiendo el diámetro interno.
La estenosis puede presentarse también en el intestino grueso, pero esto es muy raro que suceda.