La Enfermedad de Crohn es un proceso inflamatorio que puede afectar a cualquier parte del tubo digestivo, pero se detecta más normalmente (alrededor de la mitad de los casos) en la zona ileocecal, o en la parte baja del intestino delgado. Otros casos pueden afectar a una o varias de las siguientes zonas: el colon solamente, el intestino delgado solamente, el ano, el duodeno, el estómago o el esófago.

Al contrario que la Colitis Ulcerosa, la Enfermedad de Crohn no afecta al recto, pero sin embargo suele afectar al ano.