Muchos investigadores creen que estas enfermedades pueden ser el resultado de una «predisposición genética» combinada con un agente ambiental que las desencadena (probablemente una bacteria o un virus).

Recientemente se ha descubierto que las personas que heredan el gen HLA-B27 corren el riesgo de desarrollar enfermedades inflamatorias. Alrededor del 4% de la población posee este gen. Según otra teoría, en las personas con dicho gen, su sistema inmune responde a determinadas bacterias produciendo una sustancias químicas que inflaman el intestino.

Alrededor del 20-25% de las personas con Enfermedad Inflamatoria Intestinal tienen algún familiar directo con la misma enfermedad. En cualquier caso, no hay manera de predecir si algún descendiente o miembro de la familia desarrollará o no Enfermedad de Crohn o Colitis Ulcerosa.