Los efectos secundarios pueden ser muy distintos y variados, pero es bueno conocerlos porque pueden ser importantes. Entre los más comunes se encuentran el redondeamiento de la cara (cara de luna llena) y un aumento en la capa de grasa en la parte posterior del cuello, acné, aumento del apetito y  consiguiente aumento de peso, aumento del vello corporal, osteoporosis (especialmente en las mujeres), fracturas por compresión en las vértebras, úlceras pépticas, diabetes, hipertensión, cataratas, aumento de la susceptibilidad a las infecciones, glaucoma, debilidad de las extremidades, de los hombros y de los músculos pélvicos, cambios de personalidad incluyendo depresiones, irritabilidad, nerviosismo e insomnio. El crecimiento de los niños también puede verse afectado, incluso por dosis bajas. Los efectos secundarios no tienen porque ser relevantes en tratamientos a corto plazo, pero aumentan a largo plazo.

El uso prolongado de esteroides (más que unos pocos días) suprime la producción normal de esteroides por parte de la glándula adrenal y puede afectar a su funcionamiento durante un período de un año e incluso dos años después de cesar el consumo de esteroides, en algunos casos. Durante este período el cuerpo puede no ser capaz de producir una suficiente cantidad de esteroides en casos de stress extremo, como la cirugía o una infección grave.