Es normal que exista confusión entre estos nombres tan similares, pero ambas enfermedades son muy diferentes, incluso aunque los síntomas puedan parecerse a veces. También puede suceder que se confunda un brote de Enfermedad Inflamatoria Intestinal con un episodio de Intestino Irritable. En estos casos la colonoscopia buscando signos de inflamación puede ser necesaria para identificar un brote de Enfermedad Inflamatoria Intestinal

En el Intestino irritable no hay inflamación intestinal. La inflamación, en la Enfermedad Inflamatoria Intestinal puede provocar cicatrices y daño permanente en el intestino que puede precisar cirugía. Esto no sucede en el Intestino Irritable.

Generalmente la gente que padece intestino irritable no presenta sangre en las heces.